Какими могут быть основания для повторной налоговой проверки?

Компания в суде оспаривала законность решения о проведении повторной выездной налоговой проверке. В результате повторной проверки ей были также доначислены налоги. Суды удовлетворили иск компании. Однако ВС решения отменил - налоговая инспекция имеет право проводить повторную проверку, а у налогоплательщик есть право оспорить результаты повторной проверки, если он не согласен.

В компании «Нефтегазстрой» в 2022 году была проведена выездная налоговая проверка. Межрайонная налоговая инспекция проверила все налоги, сборы, страховые взносы за 2021 год и доначислила за этот период НДС — 34 млн рублей и пени — 6 млн рублей. За недоимку компанию оштрафовали на 260 000 рублей, и в итоге «Нефтегазстрой» выплатил в общей сложности 41 млн рублей. 

Спустя два года республиканское управление ФНС по причине контроля за нижестоящей инспекцией и из-за признаков нарушений во взаимоотношениях с контрагентами, назначило повторную проверку за этот же период. И снова «Нефтегазстрою» доначислили налоги — НДС и на прибыль. Сумма доначислений после повторной проверки составила почти полмиллиарда — 477 млн рублей.

«Нефтегазстрой» (далее — истец) подал иск в суд, чтобы оспорить решение о проведении повторной налоговой проверки, пояснив, что в первичной проверке участвовало УФНС (далее — ответчик). В частности, сотрудники республиканского налогового управления связывались с руководством компании и проводили предварительный анализ деятельности организации.  

Судебные решения

Суд первой инстанции пришел к выводу, что повторная выездная налоговая проверка является исключительной мерой госконтроля, применяемой только в случаях некорректной первичной проверки. Поскольку УФНС не представило доказательств, что повторная проверка необходима, суд встал на сторону истца и отменил решение о повторной выездной налоговой проверке. Апелляция и кассация поддержали нижестоящий суд. УФНС подало жалобу в ВС.

Мнение ВС

ВС указал, что:

• Действующее законодательство не запрещает проведение повторной выездной налоговой проверки, если в первичной участвовали сотрудники УФНС. Такая организация проверки не является нарушением прав налогоплательщика, УНФС не нарушило положений ст. 89 НК РФ.
• Повторная проверка может привести к переоценке выводов первой проверки. Результатом будет доначисление налогов и пеней, что совершенно законно. Налогоплательщик имеет право в суде оспорить результаты повторной проверки. 

ВС отменил решения нижестоящих судов и отказал «Нефтегазстрою» в удовлетворении исковых требований.

Определение ВС № 309-ЭС25-9697 от 18.03.2026 г.

Иллюстрация https://ru.freepik.com/